Задолго до того, как Ди посетил Германию, его идеи попадали туда из Чехии. Согласно заметкам о Ди, принадлежащим Элайасу Ашмолу и вошедшим в "Британский Химический Театр" (1652 г.), путешествие Ди по Германии в 1589 г., на пути из Богемии в Англию, произвело настоящий фурор. Ди побывал почти в тех самых местах, где двадцатью пятью годами позже вспыхнуло розенкрейцерское движение. Ландграф Гессенский осыпал Ди комплиментами, а тот взамен "одарил его двенадцатью венгерскими конями, кои приобретены были дарителем в Праге в расчете на предстоящее путешествие". На этом отрезке пути Ди, кроме того, встретился со своим учеником по имени Эдуард Дайер (близким другом Филипа Сидни). Дайер отправлялся послом в Данию, а "годом ранее [он] побывал в Тршебоне, откуда увез письма Доктора (Ди) для королевы Елизаветы". Ди произвел в этой части Германии сильнейшее впечатление – своими обширными знаниями да еще, похоже, репутацией человека, вокруг которого вершатся большие дела.
шмол сообщает, что 27 июня 1589 г., будучи в Бремене, Ди принимал у себя "того славного Герметического Философа, Доктора Генриха Кунрата Гамбургского". Влияние Ди прослеживается в необычном произведении Кунрата, "Амфитеатре Вечной Мудрости", которое вышло в свет в Ганновере в 1609 г.